วัดบางแพรกสร้างขึ้นเมื่อประมาณ พ.ศ. 2240 ในสมัยกรุงศรีอยุธยาตอนปลาย เดิมชื่อ วัดละครทำ ชื่อนี้ว่ากันว่ามาจากคณะบุคคลที่มาสร้างวัดแห่งนี้เป็นชาวคณะละครรำ แต่เนื่องจากตั้งอยู่ริมคลองบางแพรกจึงเรียกชื่อวัดตามชื่อคลอง ตามหนังสือ ทำเนียบคณะสงฆ์ ของกระทรวงธรรมการ พิมพ์เมื่อ ร.ศ. 123 (พ.ศ. 2448) ได้มีชื่อวัดบางแพรกแล้ว วัดได้กลายเป็นวัดร้างในช่วงเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 เช่นเดียวกับวัดอื่น ๆ อีกหลายวัดในบริเวณคลองอ้อมนนท์ จนถึงสมัยรัตนโกสินทร์มีชาวบ้านมาอยู่ที่ชุมชนบางแพรก และมีพระสงฆ์มาอยู่จำพรรษาที่วัดบางแพรกและได้บูรณะจนเป็นวัดที่มีพระสงฆ์อยู่ประจำเรื่อยมา
วัดบางแพรกได้มีการบูรณะเสนาสนะต่อเนื่อง จน พ.ศ. 2364 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้มีการขอพระราชทานวิสุงคามสีมา ในปัจจุบันพระครูเกษมธีรคุณ (สรธร ญาณเมธี) หรือพระอาจารย์มหาธีร์ ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส สิ่งก่อสร้างสมัยอยุธยาทรุดโทรมหมดและมาสร้างใหม่สมัยรัตนโกสินทร์ อุโบสถมีขนาด 5 ห้อง หลังคาลด 2 ชั้น ด้านหน้ามีมุขคลุมชานชาลา มีประตูด้านหน้า 2 ประตู ด้านหลังก่ออิฐทึบแบบโบสถ์มหาอุด ประตูหน้าต่างไม่มีซุ้มประตูหน้าต่าง ฐานเอวขันอุโบสถเป็นฐานปัทม์ อุโบสถมีเครื่องลำยอง หน้าบันเป็นปูนปั้นประดิษฐานพระพุทธรูปปางสมาธิล้อมด้วยลายกระหนก หน้าบันคอสองเป็นรูปเทพนมล้อมด้วยกระหนกก้านขด รวงผึ้งและสาหร่ายเป็นปูนปั้น ปลายสาหร่ายเป็นรูปพญานาค มุขด้านหน้าประดิษฐานพระพุทธรูปยืน 2 องค์ ภายนอกอุโบสถมีกำแพงแก้วแบบกำแพงบัวหลังเจียด
อุโบสถหลังใหม่มีขนาด 5 ห้อง หลังคาลด 2 ชั้น มีหลังคาซ้อนกัน 3 ตับ มีมุขด้านหน้าและด้านหลัง ฐานเอวขันที่รองรับอาคารอุโบสถเป็นแบบฐานปัทม์มีความสูงที่ฐานเอวขันนี้เป็นชั้นล่างของอุโบสถด้วย ผนังด้านนอกทำเสาอิงอยู่ระหว่างช่องหน้าต่างมุข ทั้งสองด้านมีเสาเหลี่ยมย่อมุมรับมุขด้านละ 4 ต้น บัวหัวเสาเป็นบัวกลีบยาว โคนกลีบ ประดับด้วยกระจังปฏิญาณ คอเสาเป็นบัวลูกแก้วอกไก่ประดับด้วยกระจังใบเทศ บ่าเสาเป็นบัวคอเสื้อประดับด้วยกระจังปฏิญาณคว่ำและรักร้อยรอบบ่าเสา ที่ชายคามีคันทวยรับชายคา
ศาลาการเปรียญเป็นอาคารทรงไทย 2 ชั้น มีพาไลรอบทั้ง 4 ด้าน หมู่กุฏิและหอสวดมนต์อยู่ทางด้านทิศใต้ของศาลาการเปรียญ ด้านหน้าของหมู่กุฏิริมคลองบางแพรกมีศาลาท่าน้ำของเก่าที่เป็นศาลาไม้ทั้งหลัง ความน่าสนใจของ วัดบางแพรก แห่งนี้มีพระพุทธรูปศักดิ์สิทธิ์เก่าแก่โบราณที่ยึดเหนี่ยวชาวบ้านย่านนี้เรียกว่า “หลวงพ่อศิลาแลง” หรือ “หลวงพ่อหิน” พระคู่บ้านชาวสวนคนคลองบางแพรก ที่บนบานสิ่งใดมักจะต้องได้สมหวังก็จะนำไข่ต้ม ขนมตะไล ขนมเสน่ห์จันทร์ หรือขนมไข่ เมืองนนท์และมาจุดประทัดแก้บนกันไม่ขาด
นอกจากนี้ กลางโบสถ์หรือวิหาร หลวงพ่อหิน นั้น มีบ่อน้ำศักดิ์สิทธิ์ ที่ผุดขึ้นมาเองตามธรรมชาติ แต่ในอดีต ซึ่งเชื่อกันว่าเป็นบ่อน้ำที่มีความเข้มขลัง และวัดบางแพรก เคยไปประกอบพิธีสำคัญ ในการปลุกเสกและสร้าง ไอ้ไข่โคตรรวย หนึ่งในสิ่งศักดิสิทธิ์ประจำวัด ในงานนั้น มี พ่อเปลี่ยน หัถยานนท์ ฆราวาสอาวุโสแห่งตักศิลาเขาอ้อ ร่วมงาน และท่านได้ปลุกเสกบ่อน้ำกลางโบสถ์เพิ่ม เพื่อให้ความเข้มขลังนั้น เป็นที่พึ่งกับผู้ตกทุกข์ได้ยาก
และในเร็ววันนี้ ทางวัดบางแพรก ได้มีการพัฒนาวัดอย่างต่อเนื่อง เพื่อความยั่งยืนและความเจริญของวัด มีการก่อสร้าง และสร้าง ซ่อมเสนาสนะต่างๆ รวมทั้ง ในวันเสาร์ 5 ที่จะถึงนี้ หรือก็คือ 11 มีนาคม 2566 เวลา 16. 29 น. ทางวัดบางแพรก โดย พระครูเกษมธีรคุณ ได้มีการประกอบพิธีเททองหลวงพ่อศิลาแลง (หลวงพ่อหิน)หน้าตัก 39 นิ้ว ณ.วัดบางแพรก อำเภอบางบัวทอง จังหวัดนนทบุรี เพื่อเป็นขวัญกำลังใจ และเป็นตัวแทนในการสักการะบูชาของหลวงพ่อหินองค์จริง
โดยสามารถเดินทางไปร่วมงานได้ตามพิกัด https://goo.gl/maps/HTL6FXTebyNR5fh38 หรือสามารถร่วมบุญได้ที่ธนาคารไทยพาณิชย์ ชื่อบัญชี วัดบางแพรก เลขที่บัญชี 404 63996 99