ความขัดแย้งและปมฉาวข่าวทุจริตภายในวัดสระเกศ เริ่มเด่นชัดหลังสมเด็จพระพุฒาจารย์ มรณภาพ เมื่อ10 สิงหาคม 2556 พระพรหมสุธี หรือ เจ้าคุณเสนาะ รองเจ้าอาวาส ในขณะนั้นขึ้นรักษาการแทน และได้รับแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสในทันที
กระทั่ง 29 กรกฏาคม 2557 เจ้าคุณเสนาะได้สั่งปลดพระพรหมสิทธิ หรือ เจ้าคุณธงชัย และพระอีก 2 รูปออกจากการบริหารผลประโยชน์ภายในวัด รวมถึงแจ้งความดำเนินคดีเจ้าคุณธงชัย ในข้อหาส่อทุจริตเกี่ยวกับการบริหารเงิน
แต่ช่วงเวลาเดียวกันก็มีการร้องเรียนไปยังสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน หรือ สตง. และดีเอสไอ โดยกล่าวหาเจ้าคุณเสนาะว่าร่ำรวยผิดปกติ รวมถึงการใช้งบอุดหนุน จากสำนักงานพระพุทธศาสนา จำนวน 67 ล้านบาท ในงานพระราชทานเพลิงศพสมเด็จเกี่ยวอย่างไม่โปร่งใส
กระทั่งมหาเถรสมาคมโดยสมเด็จพระมหารัชมังคลาจารย์ได้มีมติปลด เจ้าคุณเสนาะ ออกจากตำแหน่งกรรมการมหาเถรสมาคม รวมถึงตำแหน่งเจ้าอาวาสวัดสระเกศฯ และเป็นเจ้าคุณธงชัย ที่ได้รับพระบัญชาแต่งตั้งเป็นเจ้าอาวาสองค์ใหม่แทนเมื่อเดือนมกราคม 2558 และช่วงเวลาเดียวกันในปีถัดมา เจ้าคุณเสนาะก็ อัตวินิบาตกรรม หรือฆ่าตัวตายภายในกุฏิ
ข่าวการขัดแย้งผลประโยชน์ในวัดแห่งนี้ถูก เปิดเผยออกมาเป็นระยะแต่ก็ไม่เคยมีหลักฐานชัดเจน กระทั่งปี 2561 การทุจริตเงินทอนวัด ลอตที่ 3 ก็ปรากฏ พระชั้น 3 รูป จากวัดสระเกศฯ คือ เจ้าคุณธงชัย, พระเมธีสุทธิกร และพระวิจิตรธรรมาภรณ์ ผู้ช่วยเจ้าอาวาส ถูกออกหมายจับในข้อหาทุจริต ฟอกเงิน โดยพบบัญชีธนาคารบัญชีส่วนตัว ที่มีชื่อเจ้าอาวาสเป็นเจ้าของถึง 10 บัญชี ที่มีกระแสการเงินมากกว่า 130 ล้านบาท และยังพบหลักฐานการ เรียกรับสินบนเพื่อขอเลื่อนสมณศักดิ์อีกด้วย
